Missie van het FWOS is het bevorderen van de seksueel-emotionele gezondheid, met name van kinderen en jeugdigen. Doelstelling is het bevorderen van wetenschappelijk onderzoek van de seksualiteit, in het bijzonder de seksuele ontwikkeling van kinderen en jeugdigen, en de betekenis hiervan voor wetgeving, rechtspraak, opvoeding en maatschappelijk leven. Ter invulling van dit doel geeft het FWOS prioriteit aan onderzoeks- en ontwikkelingsprojecten waarin seksualiteit behandeld wordt als deel van een bredere emotionele, sociale en cognitieve ontwikkeling, gesitueerd in een concreet omschreven sociaal-culturele context.
Door het verlenen van financiële steun aan bovengenoemde projecten beoogt het FWOS eenalgemeen maatschappelijk belang te dienen.